生物質燃料鍋爐在運行時需要較高的干燥溫度和較長的干燥時間，在進行使用時由于設備中壓塊原料的含水量是比較高的，在進行使用時尤其其自身不好的密實性也非常容易造成其較高含量的水所以生物質燃料鍋爐燃燒過程中就需要較高的干燥溫度和較長的干燥時間。生物質燃料鍋爐中迎風面積大和懸浮段燃燒份額較大，在進行生產的過程中主要是因為其生物質燃料鍋爐的燃料是由原始生物質壓縮而成，結構很松散。燃燒時，也容易造成迎風面積大和較大的懸浮段燃燒份額。
生物質燃料鍋爐在進行生產的過程中是不能長時間進行停爐的，主要是因為由于設備的爐內的溫度水平低，組織穩定的燃燒比較困難，所以長時間停爐容易出現熄滅的現象。
生物質燃料鍋爐燃燒過程需要足量空氣生物質燃料鍋爐燃料著火溫度較低，一般在250～350℃溫度下揮發分大量析出并開始劇烈燃燒時會需要大量的空氣，如果此時空氣量不足，容易增大化學不完全燃燒的損失。
生物質燃料鍋爐灰熔點低生物質燃料鍋爐因燃料里含有較多的堿金屬(K、Na)，一般灰熔點較低。當揮發分析出燃盡后，受到灰燼包襄和空氣滲透困難的影響，可能會出現焦炭顆粒燃盡困難和燃燒過度緩慢的現象。
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