酶是蛋白質，在飼料加工制粒過程中，在較高溫度(70-90度)和較高水分(16～18%)下，酶很容易失活。加酶飼料制粒溫度在80～85℃時，肉雞生產性能最好，而超過85℃將產生負面影響。干燥的酶有較強的耐熱性，在溫度90℃，30分鐘才失去活性，而同樣的溫度，在濕熱蒸汽下，酶很快就失活。一般可以通過以下兩種方法提高酶制劑穩定性：1、篩選耐高溫的微生物菌株，目前己發現由細菌產生的a-淀粉酶可以耐受100℃以上的高溫；2、對酶制劑進行穩定化處理。目前常用包埋技術和載體結合技術等。
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    酶制劑來源不同，其最佳酶活所需的溫度和pH等條件也就不同，因而在畜禽消化道中特定的生理環境下，作用效果就不同，此外，不同菌株所產的酶，其耐高溫加工、耐酸堿處理能力也不同．因而在生產中應用的效果不同。
    酶制劑的應用還存在配伍問題，將來源于真菌和細菌的酶混合使用，可以擴大酶制劑在家禽消化道對pH值的適應范圍，使在整個消化道前段酶都能起作用，在消化道前段的酸性條件適合于來自真菌的酶，而消化道中段的中性條件適合來自細菌的酶。而許多報道都指出酶制劑可提高肉仔雞生長、采食量和利用日糧營養的能力，適宜配伍酶制劑的效果更為顯著。
    越來越多的試驗結果證明當酶制劑用于家禽日糧中時，飼料配方、原料選擇和營養需要量等方面都需要做調整，所以一些學者在前人工作的基礎上提出加酶日糧ENIV體系的概念，ENIV即加酶日糧有效營養改進值(Effective Nutrients Improvement Value)，ENIV系統的核心是各種飼料原料在添加特定酶制劑的情況下，可提供額外的有效營養量。植酸酶以及非淀粉多糖酶等不僅可以提高家禽對能量和蛋白的利用率，同時也可以改善微量元素等其他營養元素的利用效率。所以在有充分理論數據的基礎上可以建立加酶飼料原料的數據庫，ENIV值可直接在飼料配方設計時使用，使酶制劑應用可以量化操作。但只有在所估計的ENIV值符合實際效果時才有實際意義，所以這方面還有許多工作要做。
    隨著家禽生理學、酶工程學、生物化學和分子生物學等各學科的協同發展，酶制劑對以植物籽實為主的日糧對家禽生理、腸道微生態和內分泌等影響的了解會更加深入，酶制劑必將在末來的家禽業發展中發揮出其所具有的巨大潛力和作用。