1.產業發展總量不夠。
　　相比太陽能、風能的成倍增長，近5年來，我國生物質能源總量發展不足。在《可再生能源發展“十一五”規劃》中，生物質發電和生物柴油完成了既定目標，而沼氣利用量只完成了大約2/3，生物質固體成型燃料只完成了1/2，非糧燃料乙醇則僅完成了既定目標的10％左右。中國可再生能源學會生物質能專委會秘書長袁振宏對此表示，生物質能源在“十一五”期間經歷了一個先熱后冷的過程，一個主要原因在于國家的產業扶持政策沒有跟上。
2.高成本成為發展瓶頸。
　　無論是生物顆粒燃料還是生物沼氣，均遭遇高成本困擾，致使生物質能源規模化生產受阻。以非糧制乙醇為例，木薯乙醇在我國已實現產業化，但受困于原料產量有限，工藝污水處理費用高，更多的研究機構把目光投向來源豐富的玉米秸稈以及玉米芯等農作物廢棄物為原料合成燃料乙醇的工藝路線，富通新能源生產銷售的木屑顆粒機、秸稈壓塊機專業壓制生物質顆粒燃料。3.生物柴油生產技術應用水平還不高，航空生物燃油、生物質氣化合成油等技術尚未產業化。
　　生物質能源綜合利用水平低，轉換效率有待提高。生物質熱解技術需完善工程設計、設備制造等方面的技術水平。
4.生物能原料制約是實現產業化的“絆腳石”。
　　專家介紹，原料供應連續性、充足性無法保證，成為目前整個生物質能產業鏈中最為脆弱的一環。一是運輸成本，如果超過一定的運輸半徑，生物原料運輸費用成本大幅上升，導致企業無利潤空間；二是儲存成本，生物質原料的季節性供應使企業儲存成本成倍增加。
 　 生物能原料制約是實現產業化的“絆腳石”。專家介紹，原料供應連續性、充足性無法保證，成為目前整個生物質能產業鏈中最為脆弱的一環。一是運輸成本，如果超過一定的運輸半徑，生物原料運輸費用成本大幅上升，導致企業無利潤空間；二是儲存成本，生物質原料的季節性供應使企業儲存成本成倍增加。