我國秸稈發電產業仍然處于起步階段，雖然出臺了一些優惠政策，但是當前的效果并不樂觀，不具備較強的市場競爭力。江蘇興化某企業與中科院能源所合作建設投資的興化生物質氣化發電項目，目前由于電價過低，企業持續虧損，處于停產狀態，就是個典型的例子。
1、建設和運營成本相對較高
(1)單位造價大。與常規的燃煤發電相比，秸稈發電燃料的特點決定了其單位千瓦投資大。
(2)燃料成本高。相比傳統燃煤發電，秸稈發電的燃料成本構成更加復雜。秸稈發電燃料成本不僅有秸稈等原料的購買成本，還有占較大比重的加工成本、儲運費用以及損耗占燃料成本，農作物秸稈可以經過
秸稈顆粒機、
秸稈壓塊機壓制成生物質成型燃料，生物質成型燃料主要供生物質電廠燃燒使用。
(3)對秸稈發電的環境價值認識不夠，單純的從直接的投入、產出角度考量秸稈發電項目的成本，沒有考慮秸稈發電所帶來的環境效益。
(4)秸稈發電項目需要一定的輔助人員，而這些輔助人員主要集中在燃料這部分，使秸稈發電需要較高的運營人工工資和管理成本。
2、產業鏈還需要進一步完善
(1)能源發展的資源調配問題研究不足。目前國內對于新老能源發展資源調配的研究還存在著空白，使得發展秸稈發電在資源調配領域缺乏理論支持。
(2)人才支撐不夠。目前國內缺乏現成可供借鑒的運營企業，各科研單位和院校也沒有設置對口的專業，導致缺乏真正熟悉和掌握秸稈發電的人才。
(3)科研和技術支撐不夠。秸稈發電技術跨度較大、綜合性較強，既涉及到系統的運籌和管理，又涉及到農業、農機，國內從工程設計、基礎性科學、機械設備等方面的研究都落后于現在產業的發展水平。
(4)國內與秸稈發電相關的軟科學研究落后。對秸稈發電項目的生命周期缺乏認識、判斷、評價和控制。
(5)秸稈發電外部性經濟分析不透徹。無法得到明晰的秸稈發電外部效應，進而無法為國家政策對秸稈發電項目進行扶持提供支持。
3、存在無序競爭的可能性
秸稈發電產業是典型的“小電廠、大燃料”，燃料供應是生物質發電項目正常運營的前提。中國人多地少，秸稈體積大、重量輕，不適合長距離運輸，導致燃料收購、儲存和運輸均較困難。若項目容量太大或者項目之間規劃距離太近，或在以農作物秸稈為原料的造紙、飼養行業發達的地區規劃建設生物質發電項目，將會對秸稈發電項目的正常運營造成非常不利的影響。目前，有些省份己出現了一個縣（市）布點多個生物質發電項目或規劃多臺機組的問題。學術界也在積極呼吁，在規劃上加強宏觀調控。
